現代審計發展研究中心于2009年經江蘇省教育廳批準成立，研究中心致力于建設具有新型交叉學科特征的審計理論研究平臺。依托學校經濟學、管理學、政治學、行政學等學科，以國家審計理論與案例研究為重點，緊緊圍繞國家審計事業發展和地方經濟建設與社會發展的重點領域，致力于探索多學科交叉融合的科研規律和特點，推進現代審計技術研發和理論與政策研究。

研究中心依托南京審計大學政府審計學院建設了具有較強創新能力的科研團隊，近年來，主持省部級以上科學研究項目11項，其中，國家級項目3項、教育部人文社科項目3項、其他省部級社科項目5項；發表了一批高質量的學術論文和著作，其中SSCI/SCI論文6篇、CSSICI論文13篇、中文核心9篇、專著4部；主辦學術交流會議8次，其中國際學術會議2次、國內學術會議3次、全省學術會議3次。

研究中心積極推進產學研合作與發展，不斷提高服務審計行業和區域創新能力，密切跟蹤審計實務發展動態，加強科學研究與審計實務的銜接，形成一批具有一定競爭力的社會服務成果和實踐案例。研究中心深入開展決策咨詢服務，獲得省部級領導肯定性批示1篇，設區市及以上黨委政府政策文件吸收采納3篇，承擔重慶市審計局、海口市審計局等地方審計機關委托項目，研究中心努力成為全國審計機關和地方政府決策的智庫。